Ytelse av fire nukleinsyreforsterkningsanalyser for å identifisere SARS-COV-2 i Etiopia

Takk for at du besøker Nature.com. Du bruker en nettleserversjon med begrenset CSS -støtte. For den beste opplevelsen anbefaler vi at du bruker en oppdatert nettleser (eller deaktiver kompatibilitetsmodus i Internet Explorer). I tillegg, for å sikre kontinuerlig støtte, viser vi nettstedet uten stiler og JavaScript.
Viser en karusell med tre lysbilder samtidig. Bruk de forrige og neste knappene for å bevege deg gjennom tre lysbilder om gangen, eller bruk glidebryterknappene på slutten for å bevege deg gjennom tre lysbilder om gangen.
Siden Coronavirus Disease (Covid-19) utbruddet 2019 (COVID-19), har mange kommersielle nukleinsyreforsterkningstester (NAAT) blitt utviklet over hele verden og har blitt standardanalyser. Selv om flere tester raskt ble utviklet og anvendt på laboratoriediagnostiske tester, har ytelsen til disse testene ikke blitt evaluert i en rekke innstillinger. Derfor hadde denne studien som mål å evaluere ytelsen til Abbott SARS-COV-2, Daan Gene, BGI og Sansure Biotech-analysene ved bruk av Composite Reference Standard (CRS). Studien ble utført ved Etiopian Public Health Institute (EPHI) fra 1. til 30. desember 2020. 164 Nasopharyngeale prøver ble ekstrahert ved bruk av QIAAMP RNA Mini -settet og Abbott DNA -prøveforberedelsessystemet. Av 164 prøver var 59,1% positive og 40,9% var negative for CRS. Sansure Biotech -positiviteten var betydelig lav sammenlignet med CRS (P <0,05). Sansure Biotech -positiviteten var betydelig lav sammenlignet med CRS (P <0,05). Положителные резтаты Sansure Biotech ыи значително ниже по сравнению с Crs (p <0,05). Sansure Biotechs positive resultater var betydelig lavere sammenlignet med CRS (P <0,05).与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 的阳性率显着较低（ P <0,05 ）。与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 的阳性率显着较低（ P <0,05 ）。 У sansure Biotech ыо значително менше положителных резтатов по сравнению с crs (p <0,05). Sansure Biotech hadde betydelig færre positive resultater sammenlignet med CRS (P <0,05).Den samlede avtalen med de fire analysene var 96,3–100% sammenlignet med CRS. I tillegg til den lave positivitetshastigheten til Sansure Biotech -analysen, var ytelsen til de fire analysene nesten sammenlignbar. Som sådan krever Sansure Biotech [Research Only (RUO)] -analysen ytterligere validering for bruk i Etiopia. Til slutt bør ytterligere forskning vurderes for å evaluere analyser med passende produsentens påstander.
Laboratorietesting er en del av Verdens helseorganisasjon (WHO) strategisk plan for Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) beredskap og respons (SPRP). Som anbefaler at land trenger å bygge laboratoriekapasitet for å forbedre beredskapen, riktig saksbehandling, årvåkenhet og rask respons på offentlige helseutfordringer. Dette antyder at laboratoriets rolle er nøkkelen til å karakterisere sykdommen og epidemiologien til nye smittestoffer og kontrollere spredningen deres.
Diagnosen Covid-19 krever epidemiologisk og medisinsk informasjon, personlige symptomer/tegn og radiografiske og laboratoriedata2. Siden Covid-19-utbruddet ble rapportert i Wuhan, Kina, er det utviklet mange kommersielle nukleinsyreforsterkningstester (NAAT) over hele verden. Real-time revers transkripsjonspolymerasekjedereaksjon (RRT-PCR) har blitt brukt som en rutinemessig og standardmetode for laboratoriediagnose av alvorlig akutt respirasjonssyndrom 2 (SARS-COV-2) 3-infeksjon. Molekylær deteksjon av SARS-COV-2 er typisk basert på N (nukleokapsidproteingen), E (konvoluttproteingen) og RDRP (RNA-avhengig RNA-polymerasegen) gener i ORF1A/B (åpen leseramme 1A/B). Gen) region identifisert fra det virale genomet. De anses å være de viktigste konserverte regionene som finnes i virale genomer for virusgjenkjenning4. Blant disse genene har RDRP- og E -genene høy analytisk deteksjonsfølsomhet, mens N -genet har lav analytisk følsomhet5.
Utførelsen av PCR -analyser kan variere avhengig av forskjellige faktorer som: ekstraksjonsreagenser, amplifisering/deteksjonsreagenser, ekstraksjonsmetode, kvalitet på PCR -maskinen og andre instrumenter. Fra april 2020 har mer enn 48 forskjellige diagnostiske enheter fra ni land mottatt autorisasjon for nødbruk (EUA) for COVID-196 diagnostikk. I Etiopia brukes mer enn 14 PCR-plattformer i sanntid for PCR-deteksjon av SARS-COV-2 ved 26 folkehelseinstitusjoner, inkludert ABI 7500, Abbott M2000, Roche 48000 og Quant-Studio7. I tillegg er forskjellige PCR-testsett tilgjengelige, for eksempel Daan-genetest, Abbott SARS-COV-2-test, Sansure Biotech-test og SARS-COV-2 BGI-test. Selv om RRT-PCR er svært følsom, rapporterer noen pasienter med COVID-19 falske negative resultater på grunn av utilstrekkelige kopier av viral ribonukleinsyre (RNA) i prøver på grunn av feil innsamling, transport, lagring og håndtering og laboratorietesting. Forhold og handlinger til personell8. I tillegg kan prøve- eller kontrollfeil, syklusterskel (CT) innstilling og kryssreaktivitet med andre patogene nukleinsyrer eller inaktive/resterende SARS-COV-2 RNA føre til falske positive resultater i RRT-PCR9-analyser. Dermed er det klart at PCR -tester faktisk kan identifisere bærere av genfragmenter, da de ikke en gang kan skille mellom virkelig aktive virale gener, slik at testene bare kan identifisere bærere og ikke pasienter10. Derfor er det viktig å vurdere diagnostisk ytelse ved bruk av standardmetoder i vår innstilling. Selv om mange NAAT -reagenser er tilgjengelige ved Etiopian Public Health Institute (EPHI) og i hele landet, er det ennå ikke rapportert om noen sammenlignende evaluering av effektiviteten deres. Derfor hadde denne studien som mål å evaluere den komparative ytelsen til kommersielt tilgjengelige sett for påvisning av SARS-COV-2 ved RRT-PCR ved bruk av kliniske prøver.
Totalt 164 deltakere med mistenkt Covid-19 ble inkludert i denne studien. Flertallet av prøvene var fra behandlingssentre (118/164 = 72%), mens de resterende 46 (28%) deltakerne var fra ikke-behandlingssentre. Blant deltakere som ikke ble behandlet i sentrum, hadde 15 (9,1%) klinisk mistenkte tilfeller og 31 (18,9%) hadde kontakter med bekreftede tilfeller. Nittini-tre (56,7%) deltakere var mannlige, og gjennomsnittlig (± SD) alder for deltakerne var 31,10 (± 11,82) år.
I denne studien ble positive og negative frekvenser av fire tester for Covid-19 bestemt. Således var de positive frekvensene av Abbott SARS-COV-2-analysen, Daan Gene 2019-NCOV-analyse, SARS-COV-2 BGI-analyse og Sansure Biotech 2019-NCOV-analyse henholdsvis 59,1%, 58,5%, 57,9% og 55,5%. De positive og negative sammensatte referansestandarden (CRS) var henholdsvis 97 (59,1%) og 67 (40,9%) (tabell 1). I denne studien var definisjonen av CRS basert på den "positive" regelen, hvorved av fire testresultater, to eller flere testresultater som ga samme resultat ble ansett som ekte positive eller negative.
I denne studien fant vi en negativ prosentvis avtale (NPA) på 100% (95% KI 94,6–100) for alle analyser sammenlignet med CR -er. Sansure-bioteknologianalysen viste en minimal PPA på 93,8% (95% CI 87,2-97,1) og Daan Gene 2019-NCOV-analyse hadde en samlet avtale på 99,4% (95% CI 96,6-99,9). I kontrast var den samlede enigheten mellom SARS-COV-2 BGI-analysen og Sansure Biotech 2019-NCOV-analysen henholdsvis 98,8% og 96,3% (tabell 2).
Cohens Kappa-koeffisient for enighet mellom CRS og Abbott SARS-COV-2-analyseresultatene var fullt konsistent (k = 1,00). Tilsvarende er Cohens Kappa-verdier påvist av Daan Gene 2019-NCOV, SARS-COV-2 BGI og Sansure Biotech 2019-NCOV også fullt konsistent med CRS (k ≥ 0,925). I denne komparative analysen viste chi-square-testen (McNemar-testen) at Sansure Biotech 2019-NCOV-analyseresultatene var betydelig forskjellig fra CRS-resultatene (p = 0,031) (tabell 2).
Som vist i fig.1 Prosentandelen av laveste CT-verdi (<20 ct) Abbott SARS-COV-2-analyse (kombinert RDRP og N-gen) var 87,6% og ORF1a/B-genet CT-verdien av Sansure Biote) var 50% og viste at prosentandelen av lav CT-verdi (<20 CT) var 50% og den høye CT-verdien (3 (<20 CT) var 50%. 1 Prosentandelen av laveste CT-verdi (<20 ct) Abbott SARS-COV-2-analyse (kombinert RDRP og N-gen) var 87,6% og ORF1a/B-genet CT-verdien av Sansure Biote) var 50% og viste at prosentandelen av lav CT-verdi (<20 CT) var 50% og den høye CT-verdien (3 (<20 CT) var 50%.Som vist i fig.1, процент наименшего значения ct (<20 ct) ааниза Abbott sars-cov-2 (коминирваныйе ие mine изззе66ееееееееееE азе mine аче ичE иче mine иче иче иче иче, Orf1a/b аализа Sansure Biotech 2019-ncov показало что процент низого зачения ct (3 (3 (3 (3 (36 а000000000000 а000 з и00-а з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з. составляло 3,2%. 1 Prosentandelen av den laveste CT-verdien (<20 CT) -analysen av Abbott SARS-COV-2 (kombinert gen RDRP og N) var 87,6%, og CT-verdien av ORF1A/B-genanalyse av Sansure Biote 2019-NCOV viste at prosentandelen av lav CT-verdi (<20 CT) står for NCOV for 50.-en som er en stans av CT (<20 CT) -regnskap for 50. 3,2%.如图 1 所示 ， Abbott SARS-COV-2 检测（结合 RDRP 和 N 基因）的最低 CT 值百分比（ <20 CT ）为 87,6%， Sansure Biotech 2019-NCOV 检测的 ORF1A/B 基因 CT 值显示低 CT 值 (<20 CT) 的百分比为 50,3%， CT 值 (36- As shown in Figure 1, the lowest Ct value percentage (< 20 Ct) of Abbott SARS-CoV-2 test (combination of RdRp and N gene) is 87.6%, the ORF1a/b gene Ct value of Sansure Biotech 2019-nCoV test shows low Ct值(< 20 Ct) 的 percentage is 50.3%, 高Ct 值(36–40 Ct) 的 percentage is 3,2%. Как покано на риснке 1, аализ Abbott Sars-cov-2 (сетающий гены rdrp и n) им с и и и и з и и иAL) разере 87,6%, а значение ct гена orf1a/b в иседовании sansure Biotech 2019- аанализ ncov показал низий ct. Som vist i figur 1 hadde Abbott SARS-COV-2-analysen (som kombinerer RDRP- og N-genene) den laveste prosentvise CT-verdien (<20 CT) ved 87,6%, mens CT-verdien av ORF1A/B-genet i Sansure Biotech 2019-studien-analysen av NCOV viste en lav CT. Процент значений (<20 ct) составил 50,3%, а процент выоких значений CT (36–40 CT) составил 3,2%. Prosentandelen av verdier (<20 ct) var 50,3%, og prosentandelen av høye CT -verdier (36–40 ct) var 3,2%.Abbott SARS-COV-2 B-testen registrerte CT-verdier over 30. På den annen side hadde på BGI SARS-COV-2-analysen ORF1A/B-genet en høy CT-verdi (> 36 CT) prosentandel var 4% (fig. 1). På den annen side hadde på BGI SARS-COV-2-analysen ORF1A/B-genet en høy CT-verdi (> 36 CT) prosentandel var 4% (fig. 1). С уой стороны, в аализе BGI SARS-COV-2 ген orf1a/b имел выоке знанч рT), с р р р р р р р р р р. På den annen side hadde i analysen av BGI SARS-COV-2-gen ORF1A/B en høy CT-verdi (> 36 CT), hvorav prosentandelen var 4% (fig. 1).另一方面 ， 在 BGI SARS-COV-2 检测中 ， ORF1A/B 基因具有高 CT 值（> 36 CT ）的百分比为 4%（图 1 ）。 På den annen side, i BGI SARS-COV-2 påvisning, er prosentandelen ORF1A/B-gen med høy CT-verdi (> 36 CT) 4% (figur 1). Друой стороны, в аализе BGI SARS-COV-2 процент генов Orf1a/B с выиими знаниям и и иAL). På den annen side, i BGI SARS-COV-2-analysen, var prosentandelen av ORF1A/B-gener med høye CT-verdier (> 36 CT) 4% (fig. 1).
I denne studien tok vi 164 nasopharyngeale prøver. For alle typer analyser ble RNA -isolasjon og amplifisering utført ved bruk av metodene og settene som ble anbefalt av de respektive produsentene.
Denne studien demonstrerte at Abbotts test for SARS-COV-2 har samme deteksjonsytelse som CRS, med 100% positiv, negativ og total samsvar. Cohens Kappa -avtale er 1,00, noe som indikerer full avtale med CRS. En lignende studie av University of Washington i USA fant at den generelle følsomheten og spesifisiteten til Abbott-testen for SARS-COV-2 var henholdsvis 93% og 100% sammenlignet med den laboratoriebestemte analysen (LDA) til CDC. 11. Abbott SARS-COV-2 deteksjonssystem er basert på samtidig kombinert deteksjon av N- og RDRP-genene, ettersom begge genene er mer følsomme, og minimerer falske negativer12. En studie i Wien, Østerrike viste også at store utvinningsprøvevolumer og deteksjon elueringsmengde minimerte fortynningseffekter og økt deteksjonseffektivitet13. Dermed kan Abbotts perfekte match for SARS-CoV-2-analysen være assosiert med et plattformdeteksjonssystem som samtidig oppdager kombinatoriske gener, trekker ut et stort antall prøver (0,5 ml) og bruker en stor mengde elueringsmiddel (40 ul).
Resultatene våre viste også at deteksjonsytelsen til den genetiske testen av Daan var nesten den samme som for CRS. Dette stemmer overens med en studie14 gjennomført ved Anhui University i Huainan, Kina, og produsentens påstand om 100% positiv avtale. Til tross for rapporter om konsistente resultater, var en prøve falsk negativ etter å ha prøvd den samme eluatet, men var positiv i Abbott SARS-CoV-2 og Sansure Biotech NCOV-2019-analysene. Dette antyder at det kan være variasjon i resultater på tvers av forskjellige typer analyser. Likevel, i studien som ble utført i Kina15, var resultatet av Daan-genanalysen betydelig forskjellig (p <0,05) sammenlignet med deres lab-definerte referanseanalyse. Likevel, i studien som ble utført i Kina15, var resultatet av Daan-genanalysen betydelig forskjellig (p <0,05) sammenlignet med deres lab-definerte referanseanalyse. Т не менеE, в иседованиии, проведенном в китае15, рез0 т5а5) о о ч5 лабораторного эталонного аализа. I en studie i China15 var imidlertid Daan Gen analyseresultat betydelig forskjellig (p <0,05) fra deres laboratoriereferanseanalyse.然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（ P <0,05 ）。然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0,05 Онако в иседовании, проведенном в витае15, резтатыыенет05) лте т а ч ч ​​ч ч ч ч ч чAL0 и ч ч ч ч ч ч чAL0 и ч ч ч ч ч ч ч чAL. сравнению с ео эталонны лабораторны тестом. I en studie i China15 var imidlertid resultatene av Daans genetiske test betydelig forskjellige (p <0,05) sammenlignet med referanselaboratorietesten.Dette avviket kan skyldes følsomheten til referansetesten for å oppdage SARS-COV-2, og ytterligere studier kan være viktige for å bestemme årsaken.
I tillegg evaluerte vår studie den komparative ytelsen til SARS-COV-2 BGI-analysen med CRS, og viste utmerket positiv prosentavtale (PPA = 97,9%), negativ prosentavtale (NPA = 100%) og total prosentavtale etter kjønn (OPA). ). = 98,8%). Cohens Kappa -verdier viste god enighet (k = 0,975). Studier i Nederland16 og China15 har vist konsistente resultater. SARS-COV-2 BGI-testen er et enkelt gen (ORF1A/B) deteksjonstest ved bruk av 10 ul amplifisering/deteksjon Eluat. Til tross for god statistisk avtale med referansesultatene våre, savnet analysen to positive prøver (1,22%) av den totale prøven. Dette kan ha store kliniske implikasjoner for overføringsdynamikk på både pasient- og samfunnsnivå.
En annen komparativ analyse inkludert i denne studien var Sansure Biotech NCOV-2019 RRT-PCR (RUO) -analysen; Den totale kampprosenten var 96,3%. Avtalens styrke ble også bestemt av Cohens Kappa -verdi, som var 0,925, noe som indikerte full avtale med CRS. Igjen er resultatene våre identiske med studier utført ved Central South University i Changsha, Kina, og ved Clinical Laboratory Department of Liuzhou People's Hospital, Liuzhou City, China17. Selv om den ovennevnte gode statistiske konkordansen ble registrert, viste chi-square-testen (MacNemar-testen) at resultatet av Sansure Biotech-analysen har hatt en statistisk signifikant forskjell sammenlignet med CRS (p <0,005). Selv om den ovennevnte gode statistiske konkordansen ble registrert, viste chi-square-testen (MacNemar-testen) at resultatet av Sansure Biotech-analysen har hatt en statistisk signifikant forskjell sammenlignet med CRS (p <0,005). Ыто ыо зафикировано уазанное выше хорооот Go ? 0,005). Selv om den gode statistiske avtalen ovenfor ble registrert, viste chi-square-testen (McNemar-testen) at resultatet av Sansure Biotech-analysen hadde en statistisk signifikant forskjell sammenlignet med CRS (p <0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性 ， 但卡方检验（ MacNemar 检验）表明 ， Sansure Biotech 检测的结果与 CRS 相比具有统计学显着差异（ P <0,005 ）。尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表明 ， ， sansure biotech 检测 结果 与 crs 相比 具有 显着 （（p <0.005。。。。。。。。。。。。。。。。。。。）））） Несотря на отмеченное выше хорошее статистичесое соответвие, крзерий х х х х х х х х х ххel статисusen Til tross for den gode statistiske avtalen som er nevnt ovenfor, viste chi-square-testen (McNemar-testen) en statistisk signifikant forskjell (p <0,005) mellom Sansure Biotech-analysen og CRS.Seks prøver (3,66%) ble funnet å være falske negativer sammenlignet med CR -er (tilleggstabell 1); Dette er veldig viktig, spesielt gitt dynamikken i overføring av viruset. Ovennevnte data støtter også denne lave deteksjonshastigheten15.
I denne studien ble CT-verdier bestemt for hver analyse og respektive plattform, med den laveste gjennomsnittlige CT-verdien rapportert i Abbott SARS-COV-2-analysen. Dette resultatet kan være relatert til Abbotts samtidige kombinerte genetiske testsystem for påvisning av SARS-COV-2. I henhold til figur 1 hadde 87,6% av Abbott SARS-COV-2-resultatene CT-verdier under 20. Bare et lite antall utvalgsresultater (12,4%) var i 20-30-området. CT -verdier over 30 ble ikke registrert. I tillegg til Abbotts bruk av SARS-CoV-2-genetisk testformat for panelet, kan dette resultatet være relatert til den lavere deteksjonsgrensen (32,5 RNA-kopier/ml) 18, som er tre ganger lavere enn selskapets nedre grense på 100 RNA-kopier/ml. ML) 19.
Denne studien har noen begrensninger: For det første har vi ikke standard/referansemetoder [som viral belastning eller andre laboratorietester (LDA)] på grunn av mangel på ressurser. For det andre var alle prøver som ble brukt i denne studien nasopharyngeale vattpinner, mens resultatene ikke var anvendelige for andre eksemplaretyper, og for det tredje var prøvestørrelsen vår liten.
Denne studien sammenlignet ytelsen til fire RRT-PCR-analyser for SARS-COV-2 ved bruk av nasofaryngeale prøver. Alle deteksjonsanalyser hadde nesten sammenlignbar ytelse, med unntak av Sansure Biotech -analysen. Dessuten ble den lave positivitetsraten identifisert i Sansure Biotech -analysen sammenlignet med CRS (p <0,05). Dessuten ble den lave positivitetsraten identifisert i Sansure Biotech -analysen sammenlignet med CRS (p <0,05). Кроме того, в сте sansure Biotech ы выявлnen min I tillegg viste Sansure Biotech -testen en lav prosentandel av positive resultater sammenlignet med CRS (p <0,05).此外 ， 与 Crs 相比 ， Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (P <0,05)。此外 ， 与 Crs 相比 ， Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (P <0,05)。 Кроме того, анализ sansure bioteknologi имел оее низий уровень положителных р с п п п п I tillegg hadde Sansure Biotech -analysen en lavere positivitetshastighet sammenlignet med CRS (p <0,05).Sansure Biotech NCOV-2019 (RUO) -analysen av PPA, NPA og samlet avtale oversteg 93,5% med en Cohen Kappa-styrke av avtaleverdien på 0,925. Til slutt trenger Sansure Biotech -analysen (RUO) ytterligere validering for bruk i Etiopia, og ytterligere forskning bør vurderes for å evaluere påstander fra enkeltprodusenter.
Sammenlignende studieutforming ble utført på fire helsemessige fasiliteter i Addis Abeba, Eka Kotebe Hospital, Millennium Church Treatment Center, Zewooditu Memorial Hospital og St. Peters Tuberculosis Specialist Hospital. Dataene ble samlet inn mellom 1. og 31. desember 2020. De medisinske fasilitetene for denne studien ble målrettet valgt basert på deres høye antall tilfeller og tilgjengeligheten av store behandlingssentre i byen. Tilsvarende ble instrumenter, inkludert ABI 7500 og Abbott M2000 PCR-instrumenter i sanntid, valgt i henhold til anbefalingene fra NAAT-reagensprodusentene, og fire PCR-deteksjonssett ble valgt for denne studien, da de fleste laboratorier i Etiopia brukte minst minst fire av dem. Genprøve, Abbott SARS-COV-2-test, Sansure Biotech-test og SARS-COV-2 BGI-test utført under studien).
Testing for SARS-CoV-2 ble utført fra 1. til 30. desember 2020 ved bruk av 3 ml viralt transportmedium (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Kina) fra individer som ble undersøkt for Covid-19 referert til EPHI. Nasopharyngeale prøver ble samlet av trente prøveoppsamlere og sendt til Ephi i trippelpakker. Før nukleinsyreisolering tildeles hver prøve et unikt identifikasjonsnummer. Ekstraksjon utføres fra hver prøve umiddelbart ved ankomst ved bruk av manuelle og automatiske ekstraksjonsmetoder. For den automatiske ekstraksjonen av Abbott M2000, ble 1,3 ml (inkludert 0,8 ml død volum og 0,5 ml ekstraksjonsinnløpsvolum) av prøven ekstrahert fra hver prøve og ført gjennom Abbott DNA -prøveforberedelsessystemet (Abbott Molecular Inc. Des Plaines, IL, USA). ) En gruppe på 96 [92 prøver, to deteksjonskontroller og to ikke-templatekontroller (NTC)] ble inkludert i den totale prosessen (gjenfinning og deteksjon) på to runder med SARS-COV-2 (EUA) i sanntid. gruvedrift. Tilsvarende, for manuell utvinning, bruk de samme prøvene (for automatisk utvinning og oppdagelse). Gjennom hele prosessen ble 140 ul prøver således alikvotert og ekstrahert ved bruk av QIAamp Viral RNA Mini -sett (Qiagen GmbH, Hilden, Tyskland) i partier på 24 (inkludert 20 prøver, to analysekontroller og to NTC -er) over ni runder. Manuelt ekstraherte eluater ble amplifisert og påvist ved bruk av en ABI 7500 termisk sykler ved bruk av SARS-COV-2 BGI-analyse, Daan-genanalyse og Sansure Biotech-analyse.
Automatisk isolasjon og rensing av SARS-COV-2 viralt RNA følger det magnetiske perleprinsippet ved bruk av Abbott DNA-prøvepreparatreagenser. Inaktivering av prøver og solubilisering av virale partikler utføres ved bruk av et vaskemiddel som inneholder guanidinisotiocyanat for å denaturere proteinet og inaktivere RNase. RNA skilles deretter fra proteinet ved faste faseseparasjon ved bruk av silika, dvs. guanidiniumsaltet og det alkaliske pH i lysebufferen fremmer binding av nukleinsyrene til silikaen (SiO2). Skyllingstrinnet fjerner gjenværende proteiner og rusk for å produsere en klar løsning. Gjennomsiktig RNA er isolert fra silikabaserte mikropartikler ved bruk av instrumentets magnetiske felt20,21. På den annen side blir manuell isolasjon og rensing av RNA utført ved spinnsøylen ved bruk av sentrifugering i stedet for et magnetisk stativ og separasjon av mikropartikler fra elueringsmidlet.
Abbott sanntids SARS-COV-2 Detection Test (Abbott Molecular, Inc.) ble utført i henhold til produsentens instruksjoner, som mottok EUA19,22 fra WHO og FDA. I denne protokollen ble prøveinaktivering før ekstraksjon utført i et vannbad ved 56 ° C i 30 minutter. Etter virusinaktivering ble nukleinsyreekstraksjon utført på et Abbott M2000 SP -instrument fra 0,5 ml VTM ved bruk av et Abbott M2000 DNA -prøveforberedelsessystem. ifølge produsenten. Amplifisering og deteksjon ble utført ved bruk av et Abbott M2000 RT-PCR-instrument, og dobbeltdeteksjon ble utført for RDRP- og N-genene. ROX) og VIC P (proprietær fargestoff) for målretting og påvisning av interne kontroller, noe som tillater samtidig deteksjon av begge amplifiseringsproduktene 19.
Amplifiseringsdeteksjonsmetoden til dette settet er basert på ett-trinns RT-PCR-teknologi. ORF1A/B og N -genene ble valgt som konserverte regioner av Daan -genteknologi for å oppdage målregionamplifisering. Spesifikke primere og fluorescerende sonder (N-genprober merket med FAM, ORF1A/B-sonder merket med VIC) er designet for å oppdage SARS-COV-2 RNA i prøver. Den endelige eluert- og masterblandingene ble fremstilt ved å tilsette 5 ul eluert til 20 ul av masterblandingen til et sluttvolum på 25 ul. Amplifisering og deteksjon ble utført samtidig på et ABI 750024 sanntids PCR-instrument.
ORF1A/B- og N-genene ble påvist ved bruk av Sansure Biotech NCOV-2019 nukleinsyrediagnostisk sett (fluorescerende PCR-deteksjon). Forbered spesifikke sonder for hvert målgen ved å velge FAM -kanalen for ORF1A/B -regionen og ROX -kanalen for N -genet. Til dette analysesettet tilsettes elueringsmiddel- og masterblandingsreagenser som følger: Forbered 30 ul masterblandingsreagens og 20 ul eluert prøve for deteksjon/amplifisering. PCR ABI 750025 i sanntid ble brukt til amplifisering/deteksjon.
SARS-COV-2 BGI-testen er et lysstoffrør i sanntid RRT-PCR-sett for diagnose av Covid-19. Målregionen er lokalisert i ORF1A/B-regionen til SARS-COV-2-genomet, som er en enkelt gendeteksjonsmetode. I tillegg er det humane husholdningsgenet ß-actin et internt regulert målgen. Hovedblandingen tilberedes ved å blande 20 ul av masterblandingsreagenset og 10 ul av den ekstraherte RNA -prøven i en brønnplate26. Et ABI 7500 fluorescerende kvantitativt PCR-instrument i sanntid ble brukt til amplifisering og deteksjon. All nukleinsyreforsterkning, PCR -kjøringsbetingelser for hver analyse og tolkning av resultater ble utført i henhold til den respektive produsentens instruksjoner (tabell 3).
I denne komparative analysen brukte vi ikke referansestandardmetoden for å bestemme prosentavtale (positiv, negativ og totalt sett) og andre sammenligningsparametere for de fire analysene. Hver testsammenligning ble gjort med CRS, i denne studien ble CRS satt av regelen “ethvert positivt”, og resultatet ble bestemt, ikke av en enkelt test, vi brukte minst to matchede testresultater. I tillegg, i tilfelle av overføring av Covid-19, er falske negative resultater farligere enn falske positive resultater. For å si "positivt" så nøyaktig som mulig fra et CRS -resultat, må minst to analysetester være positive, noe som betyr at minst ett positivt resultat sannsynligvis kommer fra en EUA -analyse. Av fire testresultater anses to eller flere testresultater som gir samme resultat som ekte positive eller negative18,27.
Data ble samlet inn ved hjelp av strukturerte dataekstraksjonsskjemaer, datainnføring og analyse ble utført ved bruk av Excel statistisk programvare og SPSS versjon 23.0 for beskrivende statistikk. Positiv, negativ og total prosentavtale ble analysert, og en Kappa -poengsum ble brukt for å bestemme graden av avtale av hver metode med CRS. Kappa-verdier tolkes som følger: 0,01 til 0,20 for mild avtale, 0,21 til 0,40 for generell avtale, 0,41-0,60 for moderat avtale, 0,61-0,80 for større avtale og 0,81-0,99 for fullstendig avtale28.
Etisk klarering ble oppnådd fra University of Addis ABABA og alle eksperimentelle protokoller for denne studien ble godkjent av det etiopiske Public Health Institute's Scientific Ethics Review Board. Henvisningsnummeret for Ephi Ethics License er EPHI/IRB-279-2020. Alle metoder ble brukt i samsvar med anbefalingene og bestemmelsene i de etiopiske nasjonale omfattende retningslinjene for behandling av Covid-19. I tillegg ble det innhentet skriftlig informert samtykke fra alle studiedeltakere før deltakelse i studien.
Alle data innhentet eller analysert i denne studien er inkludert i denne publiserte artikkelen. Data som støtter resultatene fra denne studien er tilgjengelige fra den respektive forfatteren etter rimelig forespørsel.
Verdens helseorganisasjon. Anbefalinger for laboratorietestingsstrategier for COVID-19: Interim Guidance, 21. mars 2020 Nei. WHO/2019-NCOV/LAB_TESTING/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 smart diagnose i akuttmottaket: All-in i praksis. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 smart diagnose i akuttmottaket: All-in i praksis.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. og Gurgulianis, Ki Intelligent Diagnosis of Covid-19 i akuttmottaket: Everything in Practice.Muliou DS, Pantazopoulos I. og Gurgulyanis Ki Intelligent Diagnosis of Covid-19 i akuttmottak: ende-til-ende integrasjon i praksis. Ekspert pastor Respire. medisin. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Evaluering av Covid19 ID nå EUA -analyse. Mitchell, SL & St George, K. Evaluering av Covid19 ID nå EUA -analyse.Mitchell, SL og St. George, K. Evaluering av Covid19 ID nå EUA -analyse.Mitchell SL og St. George K. Evaluering av Covid19 ID nå EUA -analyse. J. Clinical. Virus. 128, 104429. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WHO. Laboratoriedeteksjon av koronavirus sykdom 2019 (COVID-19) ved mistenkt menneskelig sykdom. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (åpnet 15. august 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. et al. COVID-19 Diagnose: Sykdommer og testverktøy. ACS Nano 14 (4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Etablering av College of Pathologists of Eastern, Sentral- og Sør -Afrika - Regional School of Pathology i Midt -Østen og Sør -Afrika. Afrika. J. Lab. medisin. 9 (1), 1-8 (2020).
Etiopian Institute of Public Health, Federal Ministry of Health. Midlertidig nasjonal strategi og veiledning for laboratoriediagnose av COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/ephi_pheoc_covid-19_laboratory_diagnosis_eng.pdf (åpnet 12. august 2020) (Ephi, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, som falske negative tester for SARS-COV-2-infeksjonsutfordringer og implikasjoner. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, som falske negative tester for SARS-COV-2-infeksjonsutfordringer og implikasjoner.Voloshin S., Patel N. og Kesselheim som falske-negative tester for SARS-COV-2-infeksjoner og deres konsekvenser.Voloshin S., Patel N. og Kesselheim som falsk-negative tester for provokasjon og virkningen av SARS-COV-2-infeksjon. N. Eng. J. Medisin. 383 (6), E38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI False-Positive and False-Negative Covid-19 tilfeller: luftveisforebyggende og styringsstrategier, vaksinasjon og ytterligere perspektiver. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI False-Positive and False-Negative Covid-19 tilfeller: luftveisforebyggende og styringsstrategier, vaksinasjon og ytterligere perspektiver. Mouliou, ds & gourgoulianis, ki ложнополителные и ложноотрицатееные саи covid-19: ряираnemnen рччges, рччччччччччччччpyngynnYpapapapapapapaterapaterapapapapapapapilHollHapapapapapHapap deater deene deene deene deene deene deeneeneene deene deene deene deene deene deene deene deene deene deene Nene N Neneene deene deene deene de Neneene de erene mine вацинация и далнейшие персективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Falske og falske negative tilfeller av Covid-19: luftveisforebygging og behandlingsstrategier, vaksinasjon og veien videre.Muliu, DS og Gurgulianis, KI False-Positive and False-Negative Cases of Covid-19: Strategier for luftveisforebygging og behandling, vaksinasjon og veien videre. Ekspert pastor Respire. medisin. 15 (8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 diagnose i akuttmottaket: å se treet, men miste skogen. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 diagnose i akuttmottaket: å se treet, men miste skogen.Mouliou, DS, Ioannis, P. og Konstantinos, G. Covid-19 diagnose i akuttmottaket: se treet, miste skogen.Muliou DS, Ioannis P., og Konstantinos G. Covid-19 diagnose i akuttmottak: Ikke nok skog til trærne. Vises. medisin. J. https://doi.org/10.1136/Mermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Validering og validering av den analytiske og kliniske ytelsen til Abbott Realtime SARS-COV-2-analysen. J. Clinical. Virus. 129, 104474. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Sammenligning Fem primersett fra forskjellige genomregion av Covid-19 for påvisning av virusinfeksjon ved konvensjonell RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Sammenligning av fem primersett fra forskjellige genomregioner av Covid-19 for påvisning av virusinfeksjon ved konvensjonell RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-neyestanaki, D., Fazlalipour, M. og Aflatunyan, B. Sammenligning av fem sett med primere fra forskjellige regioner av Covid-19-genomet for påvisning av viral infeksjon med konvensjonell RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自 Covid-19 ， ， 用于通过常规 RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Sammenligning av 5 forskjellige genetiske regioner av Covid-19 for påvisning av viral infeksjon ved konvensjonell RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-neyestanaki D, Fazlalipour M. og Aflatunyan B. Sammenligning av fem sett med primere fra forskjellige regioner i Covid-19-genomet for påvisning av viral infeksjon ved konvensjonell RT-PCR.Iran. J. Mikrobiologi. 12 (3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Foreløpige resultater av det nasjonale eksterne kvalitetsvurderingsprogrammet for påvisning av SARS-COV-2 genomsekvenser. J. Clinical. Virus. 129, 104537. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Analytisk evaluering av effekten av fem RT-PCR-sett for alvorlig akutt respirasjonssyndrom coronavirus 2. J. Clinical. laboratorium. anus. 35 (1), E23643 (2021).
Wang B. et al. Evaluering av syv kommersielt tilgjengelige SARS-COV-2 RNA-deteksjonssett i Kina basert på sanntids polymerasekjedereaksjon (PCR). klinisk. Kjemisk. laboratorium. medisin. 58 (9), E149 - E153 (2020).
Van Casteren, PB et al. Sammenligning av syv kommersielle RT-PCR COVID-19 diagnostiske sett. J. Clinical. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. Sammenligning av diagnostisk ytelse av to PCR-sett for påvisning av SARS-COV-2 nukleinsyrer. J. Clinical. laboratorium. anus. 34 (10), E23554 (2020).
LEVART, PR, etc. En sammenlignende studie av fire SARS-COV-2 nukleinsyreforsterkningstesting (NAAT) -plattformer viste at ID nå ytelsen ble betydelig nedbrutt avhengig av pasient- og prøvetype. diagnose. Mikrobiologi. Infisere. diss. 99 (1), 115200 (2021).
Abbott molekyl. Abbott sanntids SARS-COV-2-analysepakkeinnlegg. https://www.molecular.abbott/us/no/products/infectious-sease/realtime-sars-cov-2-assay. 1-12. (Fra 10. august 2020) (2020).
Klein, S. et al. SARS-COV-2 RNA-isolasjon ved bruk av magnetiske perler for rask storstilt deteksjon med RT-qPCR og RT-LAMP. Virus 12 (8), 863 (2020).